Mặc dù là giáo phận trẻ tại Việt Nam, được công bố thành lập ngày 22 tháng 11 năm 2005 bởi Tự sắc Ad Aptius Consulendum do Giáo hoàng Biển Đức XVI, tách ra từ Giáo phận Xuân Lộc, nhưng lịch sử giáo phận được xem là bắt nguồn từ thế kỷ 17. Theo ghi nhận của các thừa sai dòng Tên, vào năm 1670, ở Xích Lam (Ðất Ðỏ), gần Bà Rịa đã có gần 300 gia đình Công giáo. Theo báo cáo của Giám mục M. Labbé, năm 1670, "miền Ðồng Nai có ít nhất trên 2,000 giáo dân". Theo linh mục Adrien Launay, vào năm 1747, vùng Ðồng Nai có các cộng đồng giáo dân ở Ben-go (Bến Gỗ), R. Dou-nai (Ðồng Nai), Da-lua (Đá lửa ?)[1][2] Ke-tat (Cái Tắt / Cái Tắc ?)[3][4] Dou-mon (Đồng Môn ?)[5], R. Moxoai (Mô Xoài), Ba-ria (Bà Rịa), Nui-nua (Núi Nứa) và Ðất Ðỏ, do các thừa sai MEP và dòng Tên coi sóc.